测控技术与通信工程学院的科研机构包括三个方面，第一个方面是黑龙江省教育厅批准成立的省高校重点实验室，第二个方面是学校批准成立的研究所，第三个方面是学院教师注册成立的、在哈尔滨理工大学国家大学科技园的科技开发公司。

省高校重点实验室：

测控技术与仪器实验室

研究所：

可靠性研究所

光电测试技术研究所

测控技术研究所

大学科技园企业：

哈尔滨市天资高科技有限责任公司

哈尔滨四远测控技术有限责任公司

哈尔滨博纳特科技有限公司

哈尔滨博兴电子科技发展有限公司